Le génome mitochondrial de l’Arganier a été séquencé à l’aide de la plate-forme Illumina HiSeq X Ten, les séquences d’ADN assemblées avec le logiciel bio-informatique GetOrganelle et les gènes codant pour des proteines (PCG pour Protein-Coding Genes), l’acide ribonucléique ribosomique (l’ARNr) et l’acide ribonucléique de transfert (ARNt) identifiés respectivement avec les outils bio-informatiques BlastX, BlastN et TRNAscan-SE. Tous ces outils sont incontournables en bio-informatique et en génomique.
La représentation graphique du génome mitochondrial a été dessinée avec OGDraw 1.3.1 logiciel largement utilisé dans les publications scientifiques.
Le génome mitochondrial de l’Arganier se présente comme une molécule d’ADN circulaire de 707 441 paires de bases avec une teneur en guanine-cytosine (GC) de 45,75 %, 32 gènes codant pour des protéines, 16 ARN de transfert et 2 gènes d’ARN ribosomique.
L’analyse phylogénétique utilise la méthode du maximum de vraisemblance. Elle a été réalisée à l’aide de 7 gènes codant pour des protéines de 15 espèces d’Ericales. Elle confirme que l’arganier est étroitement apparenté à la famille des Theaceae, ce qui est cohérent avec les études phylogénétiques antérieures basées sur le génome chloroplastique.
La connaissance du génome mitochondrial de l’Arganier offre une riche source d'informations pour en comprendre son évolution et contribuer aux efforts de sa conservation.
Réf. : A.I. Azami, S. Pirro and S. Sehli et al., The complete mitochondrial genome data of Argania spinosa (L.) Skeels, Data in Brief, https://doi.org/10.1016/j.dib.2024.110862
Posté par Jean-Paul Peltier.